Två bioinformatiker till faciliteten Clinical Genomics Uppsala

Published: 2018-11-23


Arbetsuppgifter:
Faciliteten söker två bioinformatiker på heltid för att driva utvecklingen av analyser och databaser. Arbetet kommer till stor del bestå i att utvärdera, utveckla och automatisera robusta pipelines för att analysera NGS data för kliniskt bruk samt att ta fram system för att dela information om varianter internt och externt. Fokus kommer till stor del ligga på att ta fram analyser för detektion av somatiska varianter hos patienter med cancer. Metoderna som faciliteten utvecklar baseras på olika typer av NGS bibliotek och omfattar allt från mindre paneler till helgenom. En särskilt viktig aspekt är datasäkerhet och hantering av klinisk data och arbetet kommer i huvudsak att utföras på facilitetens egna kluster.
De anställda kommer att jobba tillsammans med andra bioinformatiker, läkare, sjukhusgenetiker och molekylärbiologer inom vår facilitet och även i nationella och internationella samarbeten.

Kvalifikationskrav:
Mastersexamen eller liknande inom bioinformatik, bioteknik, datavetenskap eller motsvarande fält.
Dokumenterad förmåga inom ett eller flera relevanta programmeringsspråk (t.ex. Bash/Perl/Python) är ett krav, liksom erfarenhet av att arbeta i linuxmiljö. Arbetet ställer stora krav på noggrannhet, initiativkraft, samarbetsförmåga och självständighet. Tjänsten förutsätter en god förmåga att uttrycka sig på engelska i tal och skrift.

Önskvärt/meriterande i övrigt:
Eftersom dokumentation mot Akademiska sjukhuset sker på svenska är god förmåga att uttrycka sig på svenska i tal och skrift önskvärt. Tidigare erfarenheter från klinisk bioinformatik, humangenetik och klinisk genomik är meriterande, liksom analys av strukturella varianter, RNAseq och tumor mutational burden (TMB). Erfarenhet av containers, automatiserings/pipeline-verktyg, databaser och git är också meriterande, liksom erfarenhet av IT-arbete med höga säkerhetskrav.
Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet.

Uppsala universitet värdesätter de kvaliteter som jämn könsfördelning och mångfald tillför verksamheten. Vi ser därför gärna sökande av alla kön och med olika födelsebakgrund, funktionalitet och livserfarenhet.

Lön: Individuell lönesättning tillämpas.

Tillträde: Snarast.

Anställningsform: Tillsvidareanställning, provanställning kan tillämpas.

Anställningens omfattning: 100 %

Upplysningar om anställningen lämnas av
Malin Melin, malin.melin@scilifelab.uu.se, 018-471 4656.

 

Mer information om tjänsten och hur du ansöker:  https://www.uu.se/jobb/detaljsida/?positionId=238747