Doktorand inom strukturbestämning och analys

Vi har kraften från över 40 000 studenter och medarbetare. Studenter som ger framtidshopp. Medarbetare som varje dag bidrar till att Linköpings universitet tar sig an samtidens utmaningar. Vår värdegrund vilar på trovärdighet, tillit och trygghet. Genom att vara modiga, tänka fritt och göra nytt skapar vi tillsammans, med stora och små handlingar, en bättre framtid. Välkommen att söka jobb hos oss!

Forskargruppen till Dr Nicholas Pearce söker rekrytera en Doktorand inom strukturbestämning och analys.

Dina arbetsuppgifter

I denna tjänst så kommer du utveckla djupinlärningsmetoder (deep learning) för att studera heterogenitet inom experimentell makromolekylär strukturdata från proteindatabanken. Dessa kommer användas för att vägleda modelleringen av heterogena regioner hos makromolekylära atommodeller härledda från kryoelektronmikroskopiska och röntgenkristallografiska experiment. I arbete med både nationella och internationella samarbetspartners som arbetar experimentellt kommer du applicera dessa metoder för att studera rollen av flexibilitet och dynamik i förhållande till molekylär igenkänning och funktion, och utveckla strukturmodeller vilka kan användas för att kvantitativt förklara makromolekylära processer.

Som doktorand ägnar du dig åt din forskarutbildning och forskningsprojekt där du ingår. I ditt arbete kan även ingå att undervisa eller att delta i andra institutionsuppdrag, upp till 20% av heltid.

Dina kvalifikationer

Du har avlagt examen på avancerad nivå inom områden som biokemi, strukturbiologi, maskininlärning, statistik, eller datavetenskap, eller slutfört kurser om minst 240 högskolepoäng varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå eller på något annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Viktiga färdigheter för denna position inkluderar: erfarenhet av makromolekylär strukturanalys; utmärkta programmeringskunskaper i python, inklusive användning av storskalig beräkningsinfrastruktur; och erfarenhet av att tillämpa standardmetoder för maskininlärning och datavisualisering (t.ex. klustring, klassificering, djupinlärning, dashboarding). Du bör vara mycket intresserad av strukturell biologi och strukturell bioinformatik.

Vetenskaplig nyfikenhet och förmåga att tänka självständigt är väsentliga personliga egenskaper hos den sökande. Du förväntas samarbeta med kollegor och jobba för att stödja forskargruppens verksamhet. Du måste också ha en utmärkt muntlig och skriftlig kommunikationsförmåga på engelska. Du ska tycka om att arbeta som en del av ett team och vara villig att lära av dina kollegor och att i gengäld dela din kunskap och erfarenhet med dem.

Motivera i ditt personliga brev varför du är intresserad av tjänsten, och hur du uppfyller ovanstående krav.

Din arbetsplats

I gruppen Data-Driven Determination of Macromolecular Structures (d3ms) vid Linköpings universitet utvecklar vi datadrivna metoder för att bestämma och analysera makromolekylära strukturer, med fokus på strukturell oordning och dynamik i samband med biomedicinska tillämpningar. Ett av våra primära fokus är att utveckla metoder för hantering av multidataset och för att integrera data från kristallografi och cryo-EM som drar fördel av den ständigt ökande datainsamlingskapaciteten för dessa tekniker. Detta ämnesområde innebär att vi använder en mängd olika metoder för statistisk, datavetenskap och maskininlärning. Vi arbetar med samarbetspartners över hela världen för att tillämpa våra metoder på spetsforskningsprojekt och experimentella data, och tror på att utveckla allmänt tillämpliga öppna verktyg och paket som kan användas av det bredare forskarsamhället. Som en del av d3ms-gruppen kommer du att ingå i en multidisciplinär och kollaborativ forskargrupp som bryter ny mark inom strukturbiologi.

Vi är baserade på bioinformatikavdelningen inom Institutionen för fysik, kemi och biologi (IFM) vid Linköpings universitet. Vår forskargrupp är en del av programmet Data-Driven Life Sciences (DDLS) och det nationella nätverket SciLifeLab, som ger tillgång till nationella beräkningsresurser, expertis och utbildningsmöjligheter. Det svenska nationella superdatorcentret som är placerad på Linköpings universitetscampus ger ytterligare tillgång till beräkningsresurser.

SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för datadriven livsvetenskap (DDLS) är ett 12-årigt initiativ finansierat med totalt 3,1 miljarder SEK (~300 M€) från Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse. Syftet med programmet är att rekrytera och utbilda nästa generations datadrivna forskare inom livsvetenskaper och att skapa globalt ledande beräknings- och datavetenskapliga förmågor inom livsvetenskaper i Sverige. Programmet koordineras av SciLifeLab, en rikstäckande forskningsinfrastruktur och ett nav för tvärvetenskaplig livsvetenskap. DDLS-programmet främjar interdisciplinärt samarbete och engagemang med industri, sjukvård och andra nationella och internationella partners, såsom WASP, i syfte att överbrygga livs- och datavetenskaperna.