Forskningsingenjör – bioinformatik inom genomik & precisionsmedicin

Kungliga Tekniska högskolan, Skolan för kemi, bioteknologi och hälsa 

KTH är ett av Europas ledande tekniska universitet och en viktig arena för kunskapsutveckling. Som Sveriges största universitet för teknisk forskning och utbildning samlar vi studenter, forskare och fakultet från hela världen. Vår forskning och utbildning omfattar såväl naturvetenskap som alla grenar inom teknik samt arkitektur, industriell ekonomi, samhällsplanering, historia och filosofi.

Skolan för kemi, bioteknologi och hälsa (CBH) är en av KTH:s fem skolor och en stark konstellation för forskning och utbildning inom de bredare ämnesområdena hälsa, miljö, material och energi. Skolan för kemi, bioteknologi och hälsa bedriver forskning och utbildning inom områden som rör flera globala samhällsutmaningar. Bland dem finns hållbar energi, hälsa och åldrande befolkningar, klimatförändringar, hållbar produktion och arbetsliv, livsmedelsproduktion och rent vatten.

Science for Life Laboratory (SciLifeLab, http://www.scilifelab.se/) är ett nationellt centrum för storskalig livsvetenskaplig forskning med en avancerad teknologisk infrastruktur. Vid SciLifeLab utförs multidisciplinär forskning baserad på DNA sekvensering, genexpressionanalys, proteomik, bioinformatik, biostatistik och systembiologi. Målsättningen är att göra det möjligt för svenska forskare att analysera gener, transkript och proteiner i olika organismer i avsikt att klarlägga molekylära mekanismer relaterade till hälsa och miljö. Exempel på tematiska forskningsområden som för närvarande bearbetas inom SciLifeLab är klinisk genomik/proteomik, cancergenomik och komplexa sjukdomars genomik samt ekologisk och miljörelaterad genomik.

Arbetsuppgifter

Vi söker en bioinformatiker för att arbete med vidareutveckling av våra bioinformatiska analysverktyg. Arbetet kommer att ske inom Enheten Clinical Genomics (Stockholm) som är en nationell forskningsinfrastruktur vid SciLifeLab.

Vi jobbar i nära samarbete med genetiker, molekylärbiologer, bioinformatiker, läkare med flera, både på SciLifeLab och hos olika vårdgivare i Sverige. I vårt team jobbar idag drygt 40 medarbetare.

Den primära arbetsuppgiften är att utveckla, utföra och kvalitetssäkra arbetsmoment inom analys av sekvensdata av diverse patientprover med syfte att utveckla framtidens diagnostiska analyser, samt i samarbete med kliniker implementera dessa inom svensk sjukvård.

I arbetet ingår även utvärdering av nya tekniska lösningar (till exempel optisk mappning) för ökad förståelse av genomisk variation.

Specifika arbetsuppgifter

• Analys av NGS data
• Utveckling av analysverktyg för NGS
• Utvärdering av nya tekniska lösningar (inkl optisk mapping) för ökad förståelse av genomisk variation
• Kvalitetssäkring av NGS analysverktyg
• Arbetet kommer att utföras i team tillsammans med personer med laborativa uppgifter, bioinformatiker samt IT utvecklare och administratörer.

Vi erbjuder

• En anställning på ett ledande tekniskt universitet som skapar kunskap och kompetens för en hållbar framtid
• Engagerade och ambitiösa kollegor samt en kreativ, internationell och dynamisk miljö
• Vi kan erbjuda ett arbete där målsättningen är att långsiktigt förbättra den vård patienter erhåller, utmanande arbetsuppgifter och en gruppkänsla där alla arbetar mot samma mål.
• Vi erbjuder arbete i en spännande verksamhet för att tillsammans med nuvarande team och våra samarbetspartners utveckla och introducera diagnostiska metoder baserade på storskalig DNA sekvensering inom sjukvården. Syftet är att säkerställa att diagnostiken i Sverige ligger i internationell framkant.

Kvalifikationer

Krav

• Avlagd examen på grundnivå eller avancerad nivå (högskoleutbildning) inom bioinformatik, molekylära livsvetenskaper eller annan motsvarande utbildning relevant för anställningen.
• Erfarenhet av molekylära analyser inklusive NGS data
• Erfarenhet av minst följande programmeringsspråk: Python, R, samt erfarenhet av arbete i linuxmiljö
• Erfarenhet av arbete med “workflow managers” t.ex. Nextflow, Snakemake
• Obehindrat behärska engelska i skrift och tal.
• Ämnes- & yrkesskicklighet.

Meriterande

• Masters eller civilingenjörsutbildning inom bioinformatik, data eller livsvetenskaper
• Erfarenhet av analys av RNA-seq data
• Erfarenhet av testning av mjukvara och annan kvalitetssäkring av kod
• Erfarenhet av Github eller motsvarande resurs för versionskontroll mm av kod
• Erfarenhet av programmeringsspråk: Perl, Java
• Erfarenhet av container teknologier t.ex Docker, Singularity
• Avancerade programmeringskunskaper utöver de listade ovan
• Medvetenhet om mångfalds- och likabehandlingsfrågor med särskild fokus på jämställdhet

Personliga egenskaper

Vi fäster stor vikt vid att personen kan samarbeta med övriga teamet. Du har förmåga att självständigt prioritera i det dagliga arbetet för att hjälpa gruppen nå sina långsiktiga mål. Du är strukturerad, noggran och har lätt att lära.

Vi kommer lägga stor vikt vid personliga egenskaper.

Fackliga representanter

Du hittar kontaktuppgifter till fackliga representanter på KTH:s webbsida. 

Ansökan

Anställningsform	Visstidsanställning längre än 6 månader
Anställningens omfattning	Heltid
Tillträde	Enligt överenskommelse
Löneform	Månadslön
Antal lediga befattningar	1
Sysselsättningsgrad	Heltid
Ort	Solna
Län	Stockholms län
Land	Sverige
Referensnummer	C-2021-0787
Kontakt	Valtteri Wirta, valtteri.wirta@scilifelab.se
Publicerat	2021-05-03
Sista ansökningsdag	2021-05-20