Tjugo spännande projekt går på djupet med arvsmassan

Published: 2015-12-18


Hur påverkar omgivningen en amöbas förmåga att göra människor sjuka, och hur ser arvsmassan ut hos svampar som bryter ner skräp? Tjugo forskningsprojekt inom hälsa och miljö får stöd av SciLifeLab för att sekvensera över 3000 hela arvsmassor.

Andra utlysningen av SciLifeLabs nationella helgenomprojekt har avslutats och 20 projekt har valts ut för att få stöd. SciLifeLab kommer att tillhandahålla teknik och personal för sekvensering av över 3000 hela genom, samt nästan 27 miljoner i reagenskostnader.

Bland forskningsprojekten finns till exempel studier av bröstcancer, gömda virus i sångfåglars arvsmassa, evolutionära studier av vargar och hundar, samt schizofreni. Projekten har valts ut baserat på hög vetenskaplig kvalitet, intressanta frågeställningar och hög genomförbarhet.

Individanpassad behandling av barncancer

Tommy Martinsson, Professor vid Göteborgs universitet och 1:e sjukhusgenetiker vid Sahlgrenska Universitetssjukhuset har beviljats stöd för sitt forskningsprojekt på barncancertumörer, så kallade neuroblastom. Det är en cancerform som drabbar barn upp till sexårsåldern och som oftast sitter i buken, men även kan ge upphov till metastaser på andra ställen i kroppen.

— Neuroblastom kan vara mycket svårt att bota, idag överlever ca 80 procent av de drabbade barnen och många får biverkningar av behandlingen. Det finns olika undergrupper av tumörer som svarar olika på olika behandlingskombinationer, därför är det viktigt att kunna individanpassa behandlingen för varje patient, säger Tommy Martinsson.

Forskargruppen har tillgång till vävnadsprover från tumörer som insamlats från 1980-talet fram till idag, samt register som följer barnens sjukdomsförlopp. I forskningsprojektet kommer Tommy Martinssons grupp att sekvensera 360 helgenom från tumörmaterialet för att leta efter avvikelser som kan avslöja hur de olika cancertyperna bäst behandlas.

En modell för trädforskning                                                              

Stefan Jansson, professor vid institutionen för fysiologisk botanik vid Umeå universitet, är en av forskarna som har fått sitt projekt godkänt inom SciLifeLabs satsning på helgenomssekvensering.

Han studerar hur träd fungerar och tittar särskilt på hur de förändras under året – när knoppar slår ut på våren och när löven faller om hösten – men även på vedsammansättning och lövens utseende. I det forskningsprojekt han har fått beviljat ska han sekvensera 300 aspar.

Två aspar kan genetiskt sett skilja sig åt mer än en människa och en schimpans. Stefan Jansson vill kartlägga hur variationer i gener mellan individuella träd hänger samman med olika egenskaper hos träden.

— Vi har tidigare sekvenserat 116 aspar och det är inte tillräckligt många för att dra slutsatser från, men tack vare det här sekvenseringsprojektet så kommer vi upp i över 400 individer och då kan vi med större säkerhet koppla genetiska skillnader till olika egenskaper hos träden, säger Stefan Jansson.

Eftersom aspen används som modellorganism för forskning på många andra träd kommer kartläggningen även kunna gagna forskning på till exempel gran och tall, som har stor kommersiellt värde för svensk skogsindustri.

Om satsningen

SciLifeLab erbjuder vanligtvis sekvenseringsmöjligheter där instrument och personalkostnader täcks av SciLifeLab men där forskargrupperna betalar reagenskostnaden, det vill säga kostnaden för de kemikalier som används i projektet. För att möjliggöra stora sekvenseringsprojekt inom humangenomik och biodiversitet har SciLifeLab för andra året i rad utlyst medel som helt eller delvis täcker även reagenskostnaderna inom dessa två områden. Forskare har skickat in projektansökningar som utvärderats av en vetenskaplig panel och slutligen beslutats av SciLifeLabs styrelse.

De projekt som leds av seniora forskare får medel som täcker halva reagenskostnaderna i projekten. För att premiera unga forskningsledare så täcker SciLifeLab hela reagenskostnaden för projekt som leds av juniora forskare. Som junior forskare räknas de som doktorerat 2008 eller senare. SciLifeLab täcker reagenskostnader för sammanlagt nästan 27 miljoner SEK för de 20 utvalda projekten.

Satsningen har möjliggjorts genom stöd från Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse.

Om SciLifeLab

SciLifeLab är ett nationellt center för molekylära biovetenskaper med fokus på forskning inom hälsa och miljö. Centret kombinerar ledande teknisk expertis med avancerat kunnande inom translationell medicin och molekylära biovetenskaper. SciLifelab är en nationell resurs som drivs av Karolinska Institutet, KTH, Stockholms universitet och Uppsala universitet. Centret samarbetar med flera andra lärosäten.

Filer

Se en förteckning över de projekt som fått finansiering under Related items till höger.