Postdoktor i analys och behandling av spatial omics-data

Vid Institutionen för biokemi och biofysik. Sista ansökningsdag: 2022-05-07.

SciLifeLab (www.scilifelab.se) är ett nationellt centrum för storskalig livsvetenskaplig forskning med en avancerad teknologisk infrastruktur. Vid SciLifeLab utförs multidisciplinär forskning baserad på DNA sekvensering, genexpressionsanalys, proteomik, bioinformatik, biostatistik och systembiologi. Målsättningen är att göra det möjligt för svenska forskare att analysera gener, transkript och proteiner i olika organismer i avsikt att klarlägga molekylära mekanismer relaterade till hälsa och miljö. Exempel på tematiska forskningsområden som för närvarande bearbetas inom SciLifeLab är klinisk genomik/proteomik, cancergenomik och komplexa sjukdomars genomik samt ekologisk och miljörelaterad genomik. Bioinformatik och systembiologi är centrala aktiviteter inom centret, och en betydande del av personalen vid SciLifeLab arbetar inom dessa områden.

Projektbeskrivning
Rumsligt upplöst omik (spatial omics) är ett snabbt växande område som ger nya insikter i vävnaders och organs rumsliga organisation på molekylär nivå. Enheterna för Targeted Spatial Omics (TSO) inom SciLifeLab Spatial and Single Cell Biology-plattformen har till uppgift att tillhandahålla in situ-sekvensering (ISS), single-moleule fluorescence in situ hybridization (smFISH) och multiplexed immunofluorescence (CODEX) till forskare över hela landet. Plattformen har tillsammans med SciLifeLabs BioImage Informatics Facility (BIIF) också till uppgift att utveckla ny analytiska förmågor, och det kommer bli den sökta postdoktorns huvuduppgift. Anställningen är nära kopplad till de två SciLifeLab enheterna ISS och BIIF och till forskningsgrupperna (Mats Nilsson & Carolina Wählby) vid SciLifeLab som är pionjärer inom dessa rumsliga omikmetoder.

Den utlysta anställningen är placerad på insitutionen för biokemi och biofysik vid Stockholms universitet, dit Nilssons forskargrup samt ISS faciliteten tillhör, och arbetet kommer utföras i nära samarbete med Wählby Lab och BIIF vid Institutionen för informationsteknologi, Uppsala universitet.

Arbetsuppgifter
Huvuduppgiften är att leda utvecklingen av robusta dataflöden – från mikroskop till slutlig analys – genom att implementera och justera bildanalysverktyg för kvantitativ analys av mikroskopidata, främst från in situ sekvensering och andra bildbaserade rumsliga omiktekniker. Mycket fokus ligger på storskalig dataanalys baserad på maskininlärning och djupinlärning/AI, samt att organisera dataflöden och infrastruktur på ett rationellt sätt.

Behörighetskrav
Med postdoktor avses en arbetstagare som anställs i huvudsak för forskning och som har avlagt doktorsexamen eller har en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen.

Bedömningsgrunder
Examen ska vara avlagd senast då anställningsbeslutet fattas, dock högst tre år före sista ansökningsdag. Om det finns särskilda skäl, kan doktorsexamen ha avlagts tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer, tjänstgöring inom totalförsvaret, eller andra liknande omständigheter samt klinisk tjänstgöring eller för ämnesområdet relevant tjänstgöring/uppdrag.

Vid tillsättningen kommer särskild vikt att fästas vid vetenskaplig skicklighet. Kandidaten bör ha en doktorsexamen i digital bildanalys/bildbehandling eller liknande. Dokumenterad erfarenhet av programmering och utveckling av digitala bildanalysmetoder är av högsta vikt. Ett genuint intresse och nyfikenhet för ämnet samt utmärkta analytiska och kommunikativa färdigheter, både muntligt och skriftligt, är väsentligt. Erfarenhet av att utveckla metoder för djupinlärning med tillämpningar inom mikroskopi är meriterande. Särskilt meriterande är färdighet i att använda och utveckla algoritmer och analyspipelines avsedda för identifiering och segmentering av celler och mikroorganismer i kultur eller i vävnadssnitt samt kvantifiering av biologiska parametrar för dessa.

Anställningsvillkor
Anställningen avser heltid och gäller tills vidare, dock minst två år och högst tre år, med möjlighet till förlängning om det finns särskilda skäl. Tillträde enligt överenskommelse.

Stockholms universitet strävar efter att vara en arbetsplats som är fri från diskriminering och ger lika möjligheter för alla.

Kontakt
Upplysningar om anställningen lämnas av professor, Mats Nilsson, mats.nilsson@dbb.su.se 

Fackliga företrädare
Ingrid Lander (Saco-S), tfn 0708-16 26 64, saco@saco.su.se, Alejandra Pizarro Carrasco (Fackförbundet ST/Lärarförbundet), tfn 08-16 34 89, alejandra@st.su.se, samt seko@seko.su.se (SEKO).

Ansökan
Du söker anställningen via Stockholms universitets rekryteringssystem. Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett i enlighet med annonsen och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag.

När du ansöker ber vi dig att fylla i följande uppgifter

• dina kontakt- och personuppgifter
• din högsta examen
• dina språkkunskaper
• kontaktinformation för 2–3 referenspersoner

och att bifoga följande dokument

• personligt brev
• CV – examina och övriga utbildningar, arbetslivserfarenhet och publikationsförteckning
• projektplan/forskningsplan (bör ej överstiga 3 sidor) som beskriver:
  – varför du är intresserad av det i annonsen beskrivna ämnet/projektet
  – varför och hur du vill bedriva projektet
  – vad som gör dig lämplig för det aktuella projektet
• kopia av bevis på doktorsexamen
• eventuella rekommendationsbrev (max 3 filer)
• egna publikationer som du önskar åberopa (max 3 filer).